El origen de este municipio se ha estudiado en la estirpe de los otomíes, quienes lo llamaron "Audaxitzó" y en la estirpe de los mexicas, éstos lo llamaron "Ahuexuyucan" que significa "lugar donde crecen los sauces en el agua"; con el tiempo y los cambios culturales que se van presentando se convierte en el nombre de "Alfajayucan", la cual es una palabra de origen árabe otomí castellanizada que significa "Lugar Excepcional"

Atractivos Turísticos

Monasterio de San Martín, construido por los franciscanos en el año de 1559

Del 1° al 5 de noviembre, se lleva a cabo el tradicional carnaval, para conmemorar el aniversario de la fundación del municipio, en esta feria se realizan diferentes eventos culturales, deportivos, artísticos y sociales.

Artesanías

En este municipio se realizan trabajos de palma o de tornillo, como los sombreros cosidos con ixtle en forma de espiral; algunos artículos como fruteros, canastas, bolsas etc., son elaborados con ixtle, palma y jarilla, los colorean también con anilinas de diferentes colores que les da una vista muy llamativa.

Gastronomía

Alimentos: Los platillos regionales son la barbacoa de carnero o de pollo, con su tradicional consomé, que es el jugo que se desprende de la carne con algunas verduras y chiles; otros platillos como el menudo, carnitas de cerdo, mixiote, quesos, mole verde y rojo.

Dulces: Variedad de dulces como: alegrías, cocadas, charamuscas y acitrones.

Bebidas: Destaca el famoso carnavalito que es tequila, jugo de naranja y canela.